国家最強にして最弱の陰陽師と呼ばれる鬼灯紅緒（ほおずきべにお）。
彼女はその身に宿す鬼の力が強すぎる故、力を振るえば振るうほど、体が朽ちていく運命にある。
紅緒の傷を癒やし、彼女を支えているのは、幼馴染にして想い人である星川織姫（ほしかわおりひめ）だ。
しかし、その二人の関係を疎ましく思う男がいた。紅緒の双子の兄にして、織姫の許嫁である鬼灯桜雅（ほおずきおうが）である。
鬼の力を継承できず、落ちこぼれと言われてきた桜雅は、許嫁すら奪おうとしている紅緒を恨んでいた。
三人の関係が拗れていく中、ヤマトの国から太陽が消え、昼の時間が失われるという事件が起きる。
紅緒を陥れる絶好の機会を得た桜雅は、太陽消失事件の犯人として、皆の前で鬼を宿す紅緒に疑いをかける。
だが、紅緒は無罪を主張し「代わりに犯人を捕まえる」と皆の前で宣言した。
紅緒には時間がなかった…このまま陽の光が差さなければ、鬼の力が更に強まり、体を乗っ取られる可能性があったのだ。
太陽を取り戻すために、犯人を探す紅緒と織姫。二人を消し去るために暗躍する桜雅。
彼らは次第に、アマテル寮、ツクヨミ寮、スサノオ寮からなる御三家の陰謀に巻き込まれていくのだった。
世界観
ヤマト
本作の舞台。西暦2049年。現実の日本とほぼ同じ技術や生活水準で、現代よりやや近未来、違う点を挙げるなら、妖が存在することだ。この世界では、国家陰陽師たちが各地を守護し、妖を払って人々の生活を守っている。
ネオトーキョー23区
ホオズキ寮が守護するアサクサエリアを擁するタイトウ区を始め、シンジュク区やシブヤ区など、23の区で構成されている。政治の中心地はチヨダ区のカスミガセキエリア。
陰陽師
陰陽術を扱える者たち。活動には国家資格が必要で、陰陽師養成のための学校も存在する。危険な仕事だが、近年メディアでも活躍が取り上げられるようになり、花形の職業となりつつある。
陰陽省
国家陰陽師達を統括するヤマトの行政機関のひとつ。妖から国民を守ることを目的として設立され、その起源はかなり古い。対妖に特化した機関のため、対人は管轄外。有事の際は防衛省や国家公安委員会と連携をとりながら、事態の対処に当たる。唯一ツクヨミ寮だけが、陰陽師を狩る陰陽師として、その仕事を”黙認”されている。
陰陽寮
それぞれ信仰対象の神や妖による加護を持ち、力の継承者が陰陽頭として、所属する陰陽師たちを導く。陰陽省に属する国家公認の陰陽寮もあれば、フリーランスの集まりのようなものも存在し、時代と共に在り方が変わってきている。しかし、時代が変われど、御三家と呼ばれるアマテル寮、ツクヨミ寮、スサノオ寮の力は強く、有事の際は彼らを中心に事態に対処することとなっている。
妖
人々の”信仰心”が強ければ強いほど、強力な妖として、現世に顕現する。恐怖心というのも一種の信仰なので、恐れられている強力な妖は、信仰対象として祭り上げ、人々の認識を改めることで封じてきた。菅原道真などがその際たる例である。
妖落ち
各陰陽寮は信仰対象の神や妖による加護を持つが、その力に飲まれ、制御を失うと、体を乗っ取られてしまう可能性がある。陰陽師が自我を失い、体を乗っ取られた状態を「妖落ち」と呼び、その者は指名手配されることとなる。
調伏の儀
各陰陽寮は信仰対象の神や妖による加護を持つが、誰でも力を継承できるわけではない。一族の中でも、その力を認められた者だけが、生まれ落ちた瞬間に継承権を持つ。だが、完全に鬼や龍の力を使いこなすためには、調伏の儀を行い、信仰対象に自身の力を認めさせなくてはならない。
陰陽寮
ホオズキ寮
代々”鬼”を継承する陰陽寮。本拠地はアサクサエリアで、ネオトーキョー23区の北東部を守護しており、武具の扱いに長ける者の多い寮。鬼の暴走を止める役割を担っている。
アマテル寮
代々”アマテラス”を継承する陰陽寮。本拠地はイセエリアで、関西地方を守護しており、エリート陰陽師の多い寮。神器の守護をする役割を担っている。
ツクヨミ寮
代々”ツクヨミ”を継承する陰陽寮。本拠地はシンジュクエリアで、関東全域を守護しており、忍びをルーツとする隠密部隊。国家に仇なす陰陽師を取り締まる役割を担っている。
スサノオ寮
代々”スサノオ”と”ヤマタノオロチ”を継承する陰陽寮。本拠地はイズモエリアで、山陰地方を守護しており、武闘派の多い寮。水害を抑える役割を担っている。
コンノウ寮
代々”コンノウ丸”を継承する陰陽寮。本拠地はシブヤエリアで、この一帯を守護しており、金王桜の意匠が施されたシンボルが特徴的。弓を専門に扱う陰陽師が多く在籍する。
サルメノ寮
代々”アメノウズメ”を継承する陰陽寮。本拠地はミヤザキエリアで、唯一戦闘を行わず、音楽の奉納が主な任務という変わった寮である。所属者は皆、猿面で顔を隠している。
継承
鬼
ヤマトでは、昔から怨霊や妖を祀ることで、その祟りを抑えてきたが、怨霊が加護や霊験を得る過程でこぼれ落ちたものが鬼である。ホオズキ家は、代々鬼を継承し、その祟りを抑えてきた。
アマテラス
ヤマトの最高神。太陽を司る神。神器「八咫鏡」を使用すると、太陽の力を反射しレーザーのような攻撃を放つことができる。その攻撃は魂にも傷をつけるほど強力らしい。
ツクヨミ
ヤマトの夜を司る神。時間を操作することができ、少し先の未来や、過去の出来事を見ることができるらしい。
スサノオ
ヤマトの荒ぶる神。天候を操り暴風雨を巻き起こすことができるらしい。
ヤマタノオロチ
ヤマトの神話に登場する怪物。地震や洪水など天変地異を起こす能力を持っているらしい。
一族
星川家
星川家は特定の陰陽寮には属さない代わりに、各陰陽寮に数人所属し、主に衛生兵としての役割を果たしている。戦場において「誰も死なせない」というのが彼らの矜持である。祓いと癒しの能力を使いすぎると髪が白く抜けていくらしい。
伏見家
伏見家はキョウトエリアを拠点とし、”九尾”を継承する陰陽師の一族であった。だが、本家と分家の権力争いが激化し、妖落ちする者も現れ、没落したとされている。